嵌入式Linux与WinCE相比具有以下优点：
1、Linux是开放源代码的，开发自由度极高；而WinCE则是非开放性OS，实现第三方产品定制成本较高。
2、Linux的内核相对较小、效率较高；而WinCE的系统较为臃肿，占用过多的RAM，应用程序也较为庞大。
3、Linux不仅支持x86芯片，还是一个跨平台的系统。到目前为止，它可以支持20到30种CPU，采用Linux环境开发产品，几乎不会遇到更换平台的困扰。
4、Linux在内核结构的设计中考虑适应系统的可裁减性的要求，Windows CE在内核结构的设计中并末考虑适应系统的高度可裁减性的要求。
嵌入式Linux与WinCE相比具有以下弱点：
1、Linux系统应用软件开发难度较高，需要很高的技术实力；WinCE平台上可以使用微软大部分编程工具，如Visual Basic、Visual C++等，而由于微软编程工具的普及程度极高，使绝大多数的应用软件只需简单的修改和移植就可以在WinCE平台上继续使用。
2、Linux核心调试工具不全，调试不太方便，尚没有很好的用户图形界面；而WinCE则继承了传统的Windows图形界面，实现HMI十分简便。
3、简化后的Linux虽然占用较小的内存，但其稳定性相对与WinCE还是有一定差距。
4、部分Linux的应用程序需要虚拟内存，而嵌入式系统中并没有或不需要虚拟内存，因此并非所有的Linux应用程序都可以在嵌入式系统中运行。
文章来源：北京雅士林试验设备有限公司